برخی معتقدند پروتئین، عمدتا پروتئین حیوانی، برای استخوان ها مضر است، چراکه بار اسیدی را در بدن افزایش داده و منجر به خروج کلسیم از استخوان ها به منظور خنثی کردن اسید می شود. با این حال، اکثر مطالعات نشان می دهند که پروتئین، از جمله پروتئین حیوانی، فواید عمده ای برای سلامت استخوان دارد. افرادی که پروتئین بیشتری مصرف می کنند، با افزایش سن، توده استخوانی بهتری دارند و خطر پوکی و شکستگی استخوان در آنها کمتر است. این موضوع به ویژه برای زنانی که در معرض خطر بالای پوکی استخوان پس از یائسگی هستند، اهمیت دارد.