شیر مصنوعی، علی‌رغم تلاش‌هایش برای شبیه‌سازی ترکیبات شیر مادر، همچنان نمی‌تواند به طور کامل با ترکیب و خصوصیات شیر مادر همخوانی داشته باشد. دلایل ضعف شیر مصنوعی نسبت به شیر مادر عبارتند از:

1. ترکیب ناکامل: شیر مادر حاوی ترکیبات غذایی متنوعی از جمله پروتئین‌ها، چربی‌ها، کربوهیدرات‌ها، ویتامین‌ها و مواد معدنی است که همگی به رشد و تغذیه نوزاد کمک می‌کنند. در حالی که شیر مصنوعی تلاش می‌کند تا این ترکیبات را شبیه سازی کند، اما همیشه نمی‌تواند همه این عناصر را با نسبت و مقدار مناسب فراهم کند.

2. اختلاف در آنزیم‌ها و آنتی‌بادی‌ها: شیر مادر حاوی آنزیم‌ها و آنتی‌بادی‌های مهمی است که به سیستم ایمنی نوزاد کمک می‌کنند. این مواد در شیر مصنوعی به صورت دقیق شبیه‌سازی نمی‌شوند.

3. جذب و هضم: شیر مادر بهتر و سریع‌تر از شیر مصنوعی توسط معده و دستگاه گوارش نوزاد جذب و هضم می‌شود، بنابراین نوزادانی که با شیر مادر تغذیه می‌شوند، معمول خوبتر آند .